《秒速5厘米》是一部动画电影，故事分为3个部分，以少年的成长为主线，讲述一段美好的爱情的同时还反应了日本的变迁。

《秒速5厘米》讲述孩提时期一位少年美好纯洁的爱情，远野贵树与篠原明里在学校图书馆经常相遇，对方在心中的地位渐渐变得越来越重，后来明里转校，被迫分开，两人相约晚上七点在遥远的车站见面，贵树十二点到达约定地点，明里却依然在守候。中学以后花苗喜欢上了贵树，两人经常见面，花苗却一直难以鼓起勇气向贵树表白，她暗自决定能在滑浪时站起来就向贵树表白，行动之后却发现对方并不喜欢自己，成绩优秀的贵树前往东京研修学业，花苗目送他的飞机离开种子岛，第三部分讲述贵树成为普通的工程师，与交往三年的女友分手之后在一个下午偶遇一位酷似明里的人，却在列车的掩映下错过相认的机会。