故事发生在明朝末期，宦官弄权，朝政混乱。忠臣左光斗因弹劾奸佞魏忠贤而惹上祸端，他与满门被东厂所害，家破人亡。但他的女儿左清菡幸运地拥有揭露奸党的证据——“忠蠹名册”。在逃避东厂的追捕中，她遇到了锦衣卫百户方涂山，后者救了她，二人开始了一段逃亡生涯。 他们的逃亡路上，幸得明教五行旗总掌旗使大邱出手相助。大邱是明教的信仰领袖，他对明朝朝廷的不公平和腐败深感不满，因此伸出援手，带领左清菡和方涂山进入了桃源村。 桃源村位于偏僻之地，村民均为明教教徒。尽管朝廷曾经解散明教，但村民们仍坚守着明教的教义，除恶扬善。对于突然闯入的左清菡和方涂山，村民们抱有疑虑，担心他们会给村子带来麻烦，因此开始排挤和驱赶他们，试图迫使他们离开。
