故事发生在江户时代末期，如果用一句话概括而言，就是三人除妖组和作家百介所发生的关于斩妖除魔的故事

山冈百介（关俊彦配音）本来可以继承祖业，却因为他沉迷于奇闻怪谈而立志成为了名作家，想通过云游四方来收集各种怪谈故事，并由此撰写成《巷说百物语》，实现自己的作家梦。

百介在一个雨夜中偶遇了神秘的三人组：模仿师长耳先生（若本规夫配音）、御行师又市先生（中尾隆圣配音）以及傀儡师阿银小姐（小林沙苗配音），三人行踪诡秘，伴随三人的出现之处就会有灵异事件发生，这让百介有了兴趣，一次偶然的机会让百介跟随他们三人组来到了黑暗世界，并由此见证了众多诡异事件的发生，百介非常兴奋，因为这些故事可以成为他想写的《巷说百物语》的素材。